アンダースンをはじめ、シルバー率いる海賊軍の数人が南国特有の熱病にかかってしまった。このままでは、次々と仲間が熱病におかされてしまう。シルバーは次の手を打とうと、頭を悩ませていた。
　そして、シルバーはカモメのパピーを引き連れ、白旗を掲げ砦にやってきた。白旗は休戦の印。しかし、シルバーの話し合いは一方的なもので、宝の地図を渡さなければ、裏山に用意した大砲で砦ごとふっとばすという。
　「日暮れまで返事は待ってやる。」とは言うものの、みすみす宝の地図を渡す訳にはいかない。スモーレット船長の案で、砦に代わる場所を探すためジムがベンガンとコンタクトをとることになった。ベンガンの居そうな所を探し回るが、日暮れ間近になっても見つからない。砦へ急ぐジムは、偶然大砲のある裏山に出てしまう。

　大砲が偽物だとジムに気づかれ、シルバーは次の作戦にでた。スモーレット船長は砦に侵入してきた海賊に撃たれてしまった。すぐに弾を取り出さなければ命が危ない。しかし、海賊が投げ込んだ動物の死骸で井戸の水は使えなくなり、弾の摘出ができない。ジムは水を汲みに、海賊の見張る砦を抜け出した。
　水を汲みに川についたジム。その対岸には、シルバーが待ち受けていた。結局、ジムは水を手に入れることができず、砦に戻ることになる。リブシーは、グレーの話を聞き水無しでの弾の摘出に成功する。その後は水不足に苦しむが、宝島に恵みの雨が降った。
　その夜、シルバーは大砲で砦を命中させるため、ヒスパニオラ号を島に近づけた。そして翌朝、海賊たちの攻撃が始まった。

　砦には大砲が次々と撃ち込まれる。辺りには、海賊が銃を構えていて、逃げることもできない。ジムは刀を持ち「碇綱を切ってやる。」と砦を飛び出した。海に向かうジムは、ベンガンの隠れ家のある穴に落ちた。ベンガンからヒスパニオラ号に近づくための皮のボートを借り、海に出た。思いのほか潮の流れが速く、ヒスパニオラ号に近づくどころか、島からもどんどん遠ざかってしまった。オールも流され、鮫と闘い、疲れたジムはいつのまにか眠ってしまった。
　気がつくと夕暮れ時、今度は島に向かって流されている。霧が深くなってきた海に、ジムはヒスパニオラ号の灯りを見つけた。ボートにも穴があき、泳いで船に近づいたジムは、とうとうヒスパニオラ号の碇綱を切ることに成功するのだった。

　碇綱を切ったジムは、そのままヒスパニオラ号に潜入した。しかし、船は少し流されただけで暗礁に乗り上げ、ジムの作戦は失敗。だが、ラム酒を飲んでいた海賊たちは、一日中大砲を撃ち続けた疲労も重なり、仲間割れが始まっていた。ジムは、掲げられていた海賊旗を降ろし、樽の中で敵の様子を窺うことにした。すると船内では、海賊が次々と発狂し、殺し合いを始めてしまった。船の中の海賊は次々と死に、とうとう全滅してしまった。
　島にいるシルバーは、ヒスパニオラ号が少し動いているのではないかと気づいた。嫌な予感を抱き、嵐になった海をひとりヒスパニオラ号へと向かった。そして、シルバーは嵐の中、ジムの乗るヒスパニオラ号に現れた。

　海はひどい嵐になった。碇の切れたヒスパニオラ号に乗るジムは、シルバーとふたり嵐をのりきるため力を合わせなければならない。ヒスパニオラ号ほど大きな船をふたりで操縦するのはかなり難しく、しかも嵐の中だ。船底の浸水はひどく、ジム一人では手におえない程だった。苦難の末、なんとか浸水を食い止めたシルバーとジム。一息ついたジムの前に、死んだはずのハンズが現れた。生き返ったハンズは、半狂乱の状態。剣を振り回し、仲間のシルバーにまで襲いかかる。横波にバランスを崩したシルバーは、大荒れの海に落ちてしまった。そして、ジムを追うハンズまでもが、海の中へと消えていった。

　ヒスパニオラ号にひとり取り残されたジムは、嵐を乗りきった。船は流され島を回り、砦とは反対側に位置する北の入り江近くに辿り着いていた。島に着いたジムは、一目散に砦へと駆け出した。それも、北の入り江から砦までは遠く、早くしないと夜になってしまうからだ。
　やはり、砦に着いた時には夜になっていた。見張りをしているはずの仲間の姿も見えず、様子がおかしい。海賊を気にしながら小屋に近づいたジムの前に現れたのは、海に落ちたシルバーだった。そして、ジムは砦の中にいた海賊たちに捕らえられてしまった。シルバーは、海賊に殺されそうになったジムを助け、『黒丸』をつきつけられてしまった。

　海賊はジョージを新しい頭にし、団結していた。ジムを助け、仲間に反感を買ってしまったシルバーは、磔（はりつけ）にされ、しかも翌朝には火あぶりの刑にされてしまう。
　そして翌朝、シルバーは鋭い気迫で手下を脅かし、火あぶりの刑が執行される寸前、再び頭に返り咲いた。
　宝の地図はシルバーたちの手に渡っており、スモーレット船長たちは洞窟に場所を移していた。そして、熱病が悪化したアンダースンを診察してもらう為、ジムは洞窟へと急いだ。久しぶりに仲間と再会したジムは、地図に隠された謎があることを知らされたのだった。ジムはリブシーを連れ、砦に戻った。シルバーとの『男の約束』を守ったのだ。
　ジムは人質のままだが、リブシーに武器が返され、条件付休戦は終結を告げられた。

　海賊たちは、地図の示す宝の在処へ出発した。病人を抱え、険しく長い道のりだ。へとへとに疲れた海賊仲間を、励ますシルバー。本来は、一本足のシルバーが一番疲労が厳しいはず。シルバーの執念は、半端なものではないのだ。
　夜になり、グレーはジムを助けるため、海賊の元に近づいた。1日中歩き続けた疲れもあり、海賊たちはぐっすり眠っている。しかし、シルバーに気づかれてしまい、グレーはジムを連れて帰ることができなかった。
　夜が明け、再び宝に向かって歩き出した。海賊たちは、とうとう地図が示す場所に辿り着いた。海賊フリントのイニシャルの刻まれた剣を見つけ、海賊たちは一斉に土を掘り返し始めた。熱病に苦しんでいるアンダースンまでもが・・・。そして、アンダースンは宝を見ぬまま死んでしまった。悲しみの中、掘り返す土の中に手応えを感じたシルバーは、ついに宝の箱を見つけた。

　やっと見つけた宝の箱の中に入っていたのは、宝の山ではなく骸骨が一つ。それを見た海賊たちは、頭に血が上りジムを縛り上げた。シルバーはジムがなにか知っているのではないかと、海賊の仲間になることを勧めた。もちろんジムが海賊の仲間になるはずがない。シルバーはジムを木に縛るよう命令し、再び宝を探し始めた。しかし、掘っても掘っても宝は出てこない。
　そして、シルバーはフリントの残した骸骨から手がかりを見つけ、さっそくガイコツ島へと向かった。その時、隙を見てジムが森へと逃げ出したのだ。シルバーは海賊をガイコツ島へと向かわせ、ジムを追った。しかし、シルバーはジムを捕まえるのではなく、手下の海賊からジムを守るため逃がしに来たのだった。
　開放されたジムは仲間と合流せず、ひとりガイコツ島へ向かった。そこでジムは、シルバーを殺そうと企んでいるジョージの話しを聞いてしまう。

　ガイコツ島の洞窟で、シルバーはジョージに撃たれてしまった。そこへ死んだはずの海賊フリントの声が聞こえてきた。飛び出して行った海賊たちは、ジムの仲間の奇襲に敗れた。残るはシルバーと『カモメのパピー』。捕虜となったシルバーの手当てをするため、砦に戻ることになった。
　『カモメのパピー』はシルバーの計らいで自由の身になり、止めるのも聞かず「ひとりが好きやねん。」と翔んで行ってしまった。そして、フリントの残した宝の地図に書かれたあぶり出しの言葉は、今だ解読できない。文頭にある満月の夜は、一週間後に迫っている。一同は言葉の一つにあった『フリントの館』を探しに行くことになった。一日中歩き回ったが、それらしい物は全く見当たらない。それどころか、シルバーが熱病で倒れてしまった。

　ベンガンの教えてくれた沼地の蓮を、『カモメのパピー』が採ってきたおかげで、シルバーの熱は下がった。満月の夜まであと２日。ふたてに分かれて『フリントの館』を再び探すことになった。シルバーは、海賊フリントの館は海にあるかもしれないと思いつき、海岸を探すことになった。そして、海に落ちたジムの近くに鮫が現れた。
　ジムを助け出したシルバーは、『フリントの館』を探し出す当てを見つけていた。海賊フリントの仇名はいくつもあるが、一番ぴったりだったのが『カリブの鮫』。その『フリントの館』イコール『鮫の館』だと言うのだ。夜のうちにイカダを造り、朝になると海に出て『鮫の館』探し始めた。そして、グレーが鮫との格闘の末、『鮫の館』を見つけ出した。
　『満月の夜　鐘一つ　フリントの館　悪魔の腰掛けにて良き眼鏡４５度　光を目指せ　ドクロの左目より射よ』 その言葉が示す通り、フリントの宝は眠っていた。

　宝を手に入れジムたちは、一路故郷のイギリスへと向かった。シルバーは、船倉に閉じ込められ、グレーの監視がついている。従順で抜け殻のようになってしまったシルバーを、ジムはもどかしく感じていた。グレーもまた、ジムと同じ気持ちでいたのだ。グレーは「昔のジョン・シルバーを探しに行く。」とジムを誘い、シルバーを甲板に呼び出した。そして、グレーはシルバーに殴りかかった。シルバーは皆を油断させるため、負け犬のふりをしているのだと、グレーは確信した。
　西インド諸島にあるドミノの港で、食料の買出しと船員を補充しなければならない。しかし、ヒスパニオラ号には目利きのベテランと呼べるのはシルバーだけ。仕方なくシルバーを港に降ろすことにした。そして、シルバーは足かせをつけたまま、船乗りのいそうな店をかたっぱしから探し回り、宿に着いたのは夜中になっていた。シルバーは、最後に寄った店からラム酒を頂戴し、グレーとジムに乾杯しようと勧めた。ふたりを酔い潰し、シルバーは宝の分け前と共に消えてしまった。

　宝を乗せたヒスパニオラ号が、ブリストルの港についた。大勢の人達が港に集まり、歓迎を受けたジムたちは、国からの御沙汰があるまでブリストルのホテルに滞在することになった。
　しばらくして国からの御沙汰があり、ジムたちは国民栄誉勲章と1000ポンドを受け取ることになった。大騒ぎの会見場をこっそり抜け出したグレーに気づき、ジムはグレーを追った。グレーは、これから祖国のアイルランドに帰ると言う。分け前をもらえず泣いている『カモメのパピー』に、グレーは自分が受け取った分け前の半分を渡した。「また、皆で会おう。」と言い残し、グレーは去っていった。
　そして10年後、一等航海士となったジムは、北アフリカの港町でシルバーとの再会。そこにいたのは、ジムの知っている強く優しいシルバーだった。
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