ある嵐の夜、ビリー・ボーンズがベンボー亭にやってきた。しばらくベンボー亭に宿泊することになるが、奇妙な歌を歌い、お酒を飲んでは暴れるビリーを恐れ、村の人たちはベンボー亭の酒場に近づかなくなってしまう。それどころか、ベンボー亭の客は海賊だと村中で噂になってしまった。
　鍵のかけられたビリーの衣装箱には、何か秘密が隠されているらしく、ビリーはたびたび岬へ行き、周囲の様子をうかがっていた。
　そして、ジムは｢一本足の男｣を見張ってくれと、ビリーに頼まれるのだった。

　１人の男が、ベンボー亭にビリーを訪ねてきた。その男「黒犬」は、ビリーの昔の仲間らしい。｢一本足｣の差し金と思ったビリーは、黒犬と剣を交えることになる。しかし、黒犬を追い払った直後、脳溢血で倒れてしまった。
　リブシー先生に診察してもらうビリーの腕には、海賊の証である刺青が…。ビリーは、大海賊フリントの一番の子分だったのだ。脳溢血の原因は、浴びるほど飲んでいたラム酒。今は、少しの精神的ショックも命取りになるため、絶対安静と言うことだった。
　乗り合い馬車が到着する、ブラックヒルの中央広場へ客引きに行ったビル。そこで盲目の男「暗闇のピュー」に捕まってしまった。

　ジムは｢暗闇のピュー｣に、ビリーの所へ案内するよう命令された。仕方なく、ベンボー亭に案内するジム。そして、｢暗闇のピュー｣はビリーに恐怖の黒丸を手渡し、帰っていった。その黒丸の裏には、「10時に参上」と書かれていた。あまりの恐怖に、再びビリーは倒れてしまう。ビリーはジムに、衣装箱の鍵を渡すと、大事な書類を奴らから守ってくれと言い残して、そのまま深い眠りについた。
　10時に海賊が来る。村の人たちに助けを求めるが、海賊フリントと聞くと誰もが後込みしてしまった。
　ジムは母のカレンと２人、ビリーの衣装箱を開け、ビリーの言っていた大切な書類を見つけるのだった。

　ついに｢暗闇のピュー｣と｢黒犬｣が、数人の仲間を引き連れ、ベンボー亭にやってきた。｢暗闇のピュー｣がビリーの死を確認すると、フリント船長の書付を探し始める。ビリーの荷物から書付が無くなっていることにきづいた海賊一味は、ベンボー亭を荒らしまわった。隙を見て逃げ出したジムとカレン。しかし、いつのまにか豹の子ベンボーの姿が見えない。ジムは急いでベンボー亭に戻り様子をうかがうと、中にベンボーが…。ジムはそっと裏口から忍び込み、ベンボーを呼ぶ。その時、ジムは｢暗闇のピュー｣に見つかってしまった。

　海賊一味から書付を守り、ジムはビリーとの約束を果たした。手にした書付は、なんと大海賊フリントが隠した宝を示す宝島の地図。トレローニとリブシーはその地図を見ると、さっそく宝島へ向かう計画を立て始めた。一緒に行くことを望むジムだが、トレローニは連れて行く気はないらしい。トレローニは、ジムがあきらめるように説得してくれとリブシーに頼むが、リブシーはジムの宝島行きに反対ではなかった。リブシーの条件はただ一つ、ベンボー亭にいる母を１人残して、航海に出られるか？ということだ。
　ジムは宝島行きを心に決めていた。しかし、母・カレンを思うと、なかなか宝島行きを言い出すことができなかった。

　宝島行きが決定したジムを、レッドルースじいさんが迎えに来た。レッドルースと共にヒスパニオラ号が出航する港町・ブリストルに到着、そこにはトレローニとリブシーが待っていた。ヒスパニオラ号でのジムの仕事は、客室付きのボーイ。
　トレローニから頼まれた書類を届けに、ヒスパニオラ号の料理長ジョン・シルバーの店、遠眼鏡屋へ向かった。ジムは、ビリーに聞いた｢一本足の男｣の話を思い出した。ビリーの言っていた｢一本足の男｣と、遠眼鏡屋の主人であるジョン・シルバーが、本当に別人なのかを確かめようと様子を窺っていた。その時、遠眼鏡屋に入っていく「黒犬」の姿を見てしまう。「一本足の男」がジョン・シルバーだと確信したジムの後ろから、ジョン・シルバー本人が現れた。

　どうやら「黒犬」を倒したシルバーは、海賊ではなかったようだと一安心したジム。そして、待ちに待ったヒスパニオラ号出航の日がきた。ジムたちを船に迎え、準備の整っていたヒスパニオラ号は宝島へと向け出航した。
　前日の一件もあり、ジムとシルバーはすぐに仲良くなった。数日後、ヒスパニオラ号は、全く風のない凪にあってしまった。辺りは濃い霧に包まれ、スモーレット船長は停泊するよう指示するのだった。
　シルバーはジムを誘い、食材を調達するため漁にでた。オウムのフリントがマグロの大群を見つけると、シルバーは大物のカジキマグロを難なく仕留めるのだった。

　ジムとシルバーがヒスパニオラ号に戻ると、何か様子がおかしい。アロー副船長が航海中禁止の酒を飲んでいたところ、スモーレット船長に見つかってしまったようだ。アロー副船長はスモーレット船長に猟銃を突き付け反乱を起こしていた。
　まだ凪が続いている夜、甲板でリンゴをかじるジムとシルバーの所に、酔いの覚めたアロー副船長がやってきた。自分のした事の重大さに気付き、不安になってしまったようだ。
　その夜、アロー副船長が海に落ちた。全員総出で探してはみたものの、アロー副船長は見つからなかった。
　そして嵐の海に、幽霊船が現れた。その幽霊船から、アロー副船長の亡霊がシルバーを呼ぶ。

　嵐を乗りきると、島が見えてきた。食料調達のため、ジムとシルバーを含んだ４人は島に上陸。しかし、突然降り出した雨で、ジムはシルバーとはぐれてしまう。島の人とは全く言葉が通じず、困っていた。その時、イギリス人らしき男達が、話しかけてきたのだ。助かったと思いきや、その男達は人さらい。このままでは、ジムは売り飛ばされてしまう。
　ヒスパニオラ号の出航時刻は７時。早く戻らないと、おいて行かれてしまうのだ。
　心配したシルバーのもとに、ケガをしたベンボーが戻ってきた。そして、人さらいに捕まったジムを助けに来たシルバーは、肩に銃弾を受けてしまった。そして、ジムとシルバーを乗せ、出航したヒスパニオラ号の前に海賊船が現れた。

　航海は順調だ。このまま行けば、あと３日位で宝島に到着する。そんな時、「かもめのパピー」から重大な情報が入った。「舵取りハンズ」が水夫を集め反乱を企てているらしい。ジムはその事をシルバーに相談し、夜になって船底を確認しに行った。そこで行なわれていたのは、亀の子レース。どうやら反乱ではなかったようだ。
　ジムは、宝島の夢ばかり見ている。その夢から覚め、空腹を紛らわすためリンゴをかじりにいく。リンゴ樽の中にはわずかのリンゴしか残ってなく、寝ぼけているジムは、底にあるリンゴを取ろうとして樽に落ちてしまった。
　「かもめのパピー」が「舵取りハンズ」に呼び出されていた。リンゴ樽の中で、眠っていたジムは目を覚まし、信じられない光景を目前にする。

　とうとう目的の宝島が見えてきた。しかし、シルバーの裏切りを知ったジムは、宝島が見えてきた喜びより悔しさでいっぱいだった。顔を合わせたくないジムは、シルバーから逃げ回る。そして、トレローニ、リブシー、スモーレット船長に、リンゴ樽の中で聞いた事を告白した。驚きを隠せない３人だが、打つ手を考えなければならない。スモーレット船長をリーダーに、作戦を練り始めた。味方はレッドルースじいさんを含め５人。それにトレローニの家で昔働いていた、水夫のジョイスとハンター兄弟の総勢７人だ。
　間もなく、ヒスパニオラ号は宝島に到着した。ジムは偵察隊として、島に降り立った。シルバーたちから離れて監視するのが目的だ。そこでジムが見たのは、仲間割れした「海坊主」を殺す、シルバーの海賊の顔だった。

　仲間割れの現場を見てしまったジムは、海賊たちに見つかってしまった。追いかけてくる手下から逃れ、大急ぎで船に戻ろうとするジムの前に、化け物が…。その化け物は、元フリントの部下で、海賊だったベン・ガン。10年もの間、島にいたベン・ガンは、島中を知り尽くしている。ジムは、ベン・ガンに教えられた近道で、入り江に向かった。
　一方、船に残ったスモーレット船長たちは、新たな作戦を実行していた。残った海賊を部屋に閉じ込め、食料、武器などを島にある砦に運び出していた。その時、グレーが味方に加わったのだ。
　烽火の合図で、シルバーたちも反乱に気付かれたことを知る。ボートで島へ向かうスモーレット船長たちに、容赦なく攻撃が仕掛けられた。

　スモーレット船長を率いるジムたち８人と、シルバーをリーダーに海賊20人余りの闘いが始まった。砦に陣地を取れば、少数のジムたちにも希望が持てるのだ。ジムたちは全力で砦に向かい、陣を組むことに成功した。海賊フリントの跡目を継ぐと、自らシルバー船長と称す。ヒスパニオラ号には、ガイコツが印された海賊旗が掲げられた。
　一方、スモーレット船長たちの誇りであるユニオンジャックも、砦に掲げられた。挨拶がわりに海賊は、ユニオンジャックを目印に大砲を撃ちこんでくる。
　夜になり、ジムとレッドルースじいさんが見張りに付いた。長い一日に疲れ、眠くなってしまったジムに、レッドルースじいさんは宝物の話をした。人にはそれぞれ宝があると…。
　海賊は作戦を変更し、宝の地図を手に入れようと夜襲を企てた。そして、見張りをするレッドルースじいさんが、海賊の銃弾に倒れてしまった。
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