第１話・冒険だ海へ出よう！ 町ネズミのガンバとボーボは、ひと目の海を見よう、と川を下った。港に着いたのは夜で海はよく見えないが、港の倉庫でネズミたちのパーティーに参加して大さわぎ。 そこへ一匹の傷ついたネズミ、忠太がやってくる。イタチのノロイによって絶滅しそうな島のネズミの代表として、助けを求めに来たのだ。ノロイの名を聞いてネズミたちはふるえ上がるが……。
第２話・ガンバ、船で大暴れ ガンバは忠太と共に通称“ノロイ島"に向かう船の船倉に乗り込んでいた。そこへノロイと戦う決心をしたネズミたち、ヨイショ、ガクシャ、シジン、そしてボーボが合流する。 船には他にイカサマと名乗る先客もいた。初めての航海でひどい船酔いになるガンバだったが、霧が晴れた時、初めてどこまでも続く青い海原を見て大感激、すっかり元気を取りもどす。
第３話・忠太を救え！大作戦 忠太の傷は治らず、高熱が続いていた。寄港した港の町で薬を調達することになり、ガンバとボーボが出かけていく。その町は、イカサマの生まれ故郷だった。 下船したイカサマは港のネズミ相手にいかさまバクチをして追いかけられる。そこへ偶然、薬を手に入れたガンバとボーボが通りかかり、３匹は町のネズミと戦うハメに……。
第４話・嵐にやられてメッタメタ 忠太の体も回復し、のんびり航海を楽しむガンバたち。しかし突然大きな嵐に襲われ、船は沈没してしまう。かろうじて海に飛び込んだガンバたちだったが、ボーボが行方不明になる。 ボーボを探し回るネズミたち。しかし空しく夕日が沈もうとしていた。その時、リンゴの木箱がプカプカと流れて来る。中にはぎっしりつまったリンゴと、そして……!?
第５話・なにが飛び出す？軍艦島 ボーボはリンゴ箱の中で発見された。リンゴ箱の船で出発したガンバたちは、座礁した軍艦を見つけて上船する。その間にリンゴ箱はウミネコたちに横取りされてしまった。 軍艦の中には水につかった大量のカンヅメがあったが、巨大な魚がいるので近づけない。出発しなければ。ガクシャが潜水艦の設計図を書き、ついにドラム缶の潜水艦ができあがった！
第６話・たのしいたのしい潜水艦 なぜかタテに浮いてしまう潜水艦だったが、足こぎスクリューでどんどん進む。ヨイショにノロイの恐ろしさを聞き、全員しーんとしてしまったその時、巨大なクジラが近づいて来る。 はじき飛ばされ、小さな島に打ち上げられるガンバたち。しかしそれは満ち潮と共に水面に沈んでしまう小島だった。遠くに見える島まで、泳いで渡る以外、助かる道はない――！
第７話・ぶきみなぶきみな黒い影 全員、無事に島にたどりついた。食べ物も豊かだったが、妙に静かなのが気にかかる。案の定、ガンバたちを不気味な黒い獣が襲う！ みなは必死で海辺に逃げるが、ボーボがいないことに気づく。森の中を探し歩くガンバは、急に何者かに腕ををつかまれた。それはリスのリーダー、クリークだった。クリークと 共にリスの隠れ家に行くと、そこにはボーボが……。
第８話・ボーボが初めて恋をした 島にはザクリと呼ばれ恐れられているキツネがいた。早く島を離れろ、とクリークは言うが、ガンバたちはどうしても放っておけない。しかしガンバたちの勝手な行動で、リスの仲間が犠牲になってしまう。 初めはガンバたちを拒絶していたクリーク。しかしボーボが一目ぼれしたクリークの妹、イエナがザクリにさらわれたことをきっかけに、共に戦うことになる。
第９話・黒ギツネとの苦しい戦い まずは、イエナがとらわれているザクリのねぐらを探すことが先決だった。みんなで考えた作戦は失敗してしまうが、ボーボが自慢の鼻でイエナの匂いをかぎつけ、ザクリのねぐらを突きとめることができた。 ガクシャの提案でねぐらを水攻めにする作戦が練られたが、その前にイエナを救出するのは難しい。それを聞いて、ボーボはたまらず飛び出していく――。
第10話・かじって別れた７つのイカダ ザクリを倒したガンバたちは島を出発するが、海は大なぎでイカダは一向に進まない。そこへ巨大な船体が近づき、波を受けたガンバが海に放り出されてしまう。ガンバの姿はいくら探しても見つからず、やがてみんなは険悪な雰囲気になる。その頃、ガンバは体に全く力が入らず、ただ空しく海に浮いていた。そこへ１匹のイルカが現れて……。
第11話・ペテン師トラゴローを追え！ ガンバのシッポのねんざも治り、イカダはついに陸地に到着。ここからカラス岳を越えれば、対岸にノロイ島が見えるはずだ。馬車にもぐり込み、のどかな村をいくガンバたち。 途中、トラゴローと名乗る旅のネズミに出会う。トラゴローにだまされ、馬車はトラゴローの故郷に向かっていた。しかも森で山猫に襲われ、みんなさんざんな目に合うが……。
第12話・祭りだ喧嘩だ大騒動 とんだ回り道をした一行だったが、なんとかカラス岳のふもとの村に到着。神社のおみこしの中にもぐり込むが、なんと村は祭りの真っ最中だった。みこしごとかつぎ出されて大あわて。でも、ついでに祭りを楽しもうとくり出すガンバたち。しかし早くノロイ島に戻りたい忠太は、気分が乗らない。そんな忠太とシジンが留守番している所へ、ノラ犬が現れる！
第13話・特訓!!モーモー大作戦 カラス岳を目指して強引に進むガンバのリードに、ガクシャをはじめ仲間たちから文句が出始める。草原に出た一行は、牛を相手に打倒ノロイの大特訓！ でも暴れる牛にはさすがに歯が立たない。さらに先を急ぐガンバ。やがて広大な砂地に出ると、ついにガクシャとガンバは意見が対立、７匹は砂地を進む組と森を迂回する組に別れ、別行動をとることに……。
第14話・襲いかかる猟犬の群れ 砂地をいくことになったガンバ、ボーボ、忠太、イカサマは、竜巻に巻きこまれて空高く舞い上がる。忠太の地図がパラシュート代わりになり、無事草原に着地したガンバたちを呆然と見上げていたのは、１匹の子ウサギだった。迷子の子ウサギを家に返してやろうとすると、猟犬たちが襲って来る。なんとか猟犬の牙をのがれ、子ウサギを家に送り届けるガンバたち。 しかし子ウサギはガンバと一緒にいくとだだをこねて……。
第15話・鷹にさらわれたガンバ ガクシャたちは、嵐に巻きこまれたガンバたちの捜索に必死だった。そうとは知らず、ガクシャたちに先を越されまいと絶壁をよじ登り、ひと眠りするガンバたち。 ところがガンバは眠っている間に鷹にさらわれてしまう。鷹の巣から傷だらけで脱出したガンバ。山小屋を見つけてなんとかもぐり込むが、小屋の住人に発見され、つかまってしまう――！
第16話・魔のカラス岳を登れ！ ガンバは遅れを取り戻そうと山頂をめざす。ボーボたちも、ガンバを探しつつ前進していた。一方、ガクシャたちは山の北壁を登り、なだれに巻きこまれる。雪の中から彼らを掘り起こしたのは、ガンバだった！ 再会を喜ぶガンバたち。と、カラスに襲われているボーボたちの声が聞こえる。全員力を合わせてカラスを撃退、一緒に頂上の標識にたどりついた。
第17話・走れ走れノロイは近い カラス岳の山頂から、海峡をはさんでついにノロイ島が見える。仲直りしたガンバたちはリーダーを譲り合い、結局ふもとまで全員が順番にリーダーになることに。それぞれ自分の番には持てる力を十分に発揮するガンバたち。谷川を下り、線路に出た時、ボーボが列車に引っ掛かってしまう！ ボーボを追って列車に飛び乗ったガンバたちだったが……。
第18話・奇妙なふとったネズミたち ふもとの町に下りたガンバたち。食べ物を求めて高蔵に入ると、そこには奇妙なネズミたちが暮らしていた。以前ノロイの襲撃を受けた彼らは、すでにノロイがいないにもかかわらず蔵から一歩も出ずに暮らしていたのだ。彼らを臆病呼ばわりするガンバ。険悪な雰囲気の中、「証明してやる！」と叫ぶガンバを、ネズミたちは取り押さえようとする……。
第19話・闇に潜むオオミズナギ鳥 ガンバたちはなんとか海峡を渡ろうとするが、あまりの潮の速さに手も足も出ない。そんなガンバたちを襲うオオミズナギ鳥たち。鳥のリーダー、ツブリは、ガンバたちをノロイの仲間と勘違いしたのだ。鳥たちはかつてノロイに卵を全滅させられた過去があった。彼らの誤解が解けた時、ガンバに海峡を渡るいいアイデアが浮かぶ――。
第20話・白イタチノロイを見た ノロイ島に上陸したガンバたちは、草原で最初のイタチの襲撃に合う。危機一髪、ノロイの合図でイタチたちは退いていくが、姿を見せぬノロイにもてあそばれていることを思い知るガンバたち。 絶えず彼らの行動を見張る目がある中、ガンバたちはとうとう忠太の仲間の待つ穴に到着するが、そこはもぬけのカラだった。そこへ、ついにノロイがその姿を現す！ ノロイの催眠術に見入られ、体が動かなくなるガンバに向かってヨイショが叫ぶ。「シッポだ！ シッポを立てろー！」
第21話・涙にぬれた13の瞳 海に飛び込んで難を逃れたガンバたちだが、休む間もなくノロイの追跡は続く。 かろうじて逃げ込んだ穴に、忠太の姉、潮路が姿を現す。火山の火口にある隠れ家にガンバたちは案内された。島のネズミたちの歓迎を受け、力の限りシッポを立てるガンバたちだった。 翌朝、水をくみに出たガンバと潮路は、イタチの襲撃を受ける。そこにノロイが現れるが、傷を負ったガンバは十分に戦える力がなかった。その時イオウのにおいがただようと、ノロイはにわかに苦しみ出した……。
第22話・海を渡って来た仲間 ガクシャの指揮で隠れ家は戦いの要塞に変わろうとしていた。一方、食料を調達に村に下りたガンバたちは、イタチに追われてせっかくの食料も台なしにしてしまう。 その時、空からツブリがたくさんの食料を運んで来てくれる。高蔵のネズミたちも一緒だ。しかし食料を火口に運ぶ途中、またしてもノロイが襲い、高蔵ネズミの一郎たちは命を落としてしまった。一郎たちのためにも、食料は絶対に隠れ家に運ぶ！ ガンバは自分がおとりになろうとノロイを挑発する……！
第23話・裏切りの砦 火口には島中のネズミたちが集結しつつあった。活気にあふれる砦。しかし多くはイタチに火口に追い込まれた、というのが現実だった。そんな中に、潮路の幼なじみの太一がいた。 実は太一は弟の順太をノロイに人質に取られていた。弟のためにネズミたちの食料を火口に捨て、砦を去る太一。食料を失ったネズミたちに動揺が走る。ガンバたちは気づいた。 島中のネズミを集め、飢えさせた上でまとめて皆殺しにするというノロイの計略に……。 その時、太一が順太を抱いて戻って来た！
第24話・白い悪魔のささやき 砦を捨てたガンバたちは海岸の岩穴にたどり着いた。しかし食料がなくては、どの道やっていけない。その時、ノロイが食べ物を持ってやって来る。戦いはやめよう、共に共存しよう、と言うノロイ。計略に決まっているが、飢えたネズミたちは出ていこうとする。仕方なく、まずガンバとイカサマが代表として確かめにいくが、それが裏目に出てしまう。食べ物を食べて帰ってきたガンバに、もはやネズミたちを説得する術はなかった。その時太一が、今度は俺がいくと言いだした……。
第25話・地獄の岩穴 早瀬川を渡れば食料のある島があるが、うず巻く流れを渡るのは無理だ。ガンバとヨイショ、島の長老が村に食料を調達に出かけるが、イタチたちに襲われ追い詰められる。 そのイタチたちを追い払ったのは、オオミズナギ鳥のツブリたちだった。ツブリは食料を持って来てくれる。 しかし夜になると、イタチたちがいっせいに襲ってきた。次々と負傷者が増えていく様を見て、長老がイタチの前に躍り出た。傷つき、倒れた長老に、潮路は早瀬川の歌を歌う。その歌詞を聞いて、ガクシャは何か考えこむ……。
第26話・最後の戦い大うずまき 早瀬川は年に一度、今夜だけうずが消える！ ガクシャの言葉通りうずが消え始め、ネズミたちは最後の望みをかけて早瀬川を渡っていく。 ガンバたちは別ルートを泳いでノロイを引き付けるが、それも時間の問題だった。忠太がツブリに応援を頼みにいく。しかしツブリたちが現れる前に、早瀬川は再びうず巻こうとしていた。うずみ巻き込まれれば、ノロイもろともおだぶつだ！ そこへ間一髪、ツブリがやって来てガンバたちを水から引き上げる。そしてノロイは水中に没していくが……。
