ビート・ラムウの攻撃で、滝壷に落ちた鉄兵とエックス。渦を巻いた水面が光り、鉄兵を乗せたエックスが、飛び出してきた。鉄兵の輝きは本物だったのか？それを確かめるため、カオス自ら立ち上がった。カオスの乗ったラムウのステータスは、けた違いに上昇する。軽くマッハは出ている速度の中、ラムウは華麗に障害物をかわす。全力で放つラムウのゴールデンストームは、抜け出すのは不可能な程の攻撃だった。カオスとラムウは｢希望の光を見せてくれるなら・・・｣と、命がけで大切な物を教えるのだった。

　神居島の木を思わせる大樹が見えてきた。だが近づいてみると、大樹には多数の骸骨が…。そこは、一面墓場だった。鐘の音が響き、一人の少女マリアが現れた。この地は、日が落ちると死神が支配すると言うのだ。日の入とともに、コウモリ型ビートの大群が、鉄兵とエックスを襲う。そして、命あるものの殺りくを繰り返す死神が、ビート・バットに乗り、やって来た。エックスは、死神との闘いで、翼を切られてしまうのだった。

　ビート･バットの持つレーダーは、敵の少しの動きも見逃さない。鉄兵とエックスの攻撃は、全て察知されてしまうのだった。このままでは、死神にやられてしまう…。攻撃をするため、鉄兵とエックスは死神に接近した。しかし、ビート･バットの攻撃で、ボロボロになってしまうエックス。更に、死神の攻撃から鉄兵を守るため、自らが楯になり、エックスはかなりのダメージを受けてしまった。そして、どうにか立ち上ったエックス、｢動けるのはあと１度｣だと…。鉄兵は、はじめてエックスと同じブラットが流れているのを感じた。２人は一体となり、エックスは五色の燐光を放つのだった。

　鉄兵とエックスがエリアに来るのを、待ち望んでいたべムとビート・キャンス。だが、五色の燐光を放つエックスの敵ではなかった。エリアでは、アラミスの望みをそとに、鋼太郎をアンダーヘルに落としたと、ミーシャからの通信が届いた。そして、ラファエロは次第に大きく、強暴になっていく。
　一方、華蓮の元にメタルフェイスがリュカオン部隊を引き連れやってきた。メタルフェイスは華連に勝負を挑むが、四霊将の華蓮にかなう訳もなかった。最後の一撃を避けるため、マドンナはメタルフェイスを連れ去ってしまう。

　エリアでは、強力クリスタルボードまで役に立たないほど、ラファエロは成長し、強暴になっていた。ただ１人、望みを持てる人物である鋼太郎は、虫けら以下の扱いを受けるアンダーヘルに…。鋼太郎はそこでニーツィン博士と会い、博士が密かに集めたラファエロのデータを託された。鋼太郎は、ラファエロの弱点を知るため、難解な数式を解きはじめるのだった。
　一方、鉄兵とボロボロになったエックスの前に、ダークナイツのライが現れた。しかし、ステータスが低下しているエックスには、回避することができない。力を振り絞り、戦闘態勢に入ったエックスは、再び輝くのだが、ライを倒した後、墜落してしまった。そして、目の前に、エックスそっくりの黒いビートが現れた。

　５年をかけてメタモルフォーゼを続けてきたラファエロは、間もなく成虫になる。幼虫である間に、倒さなければ地球は滅びてしまう…。作業もせず、計算を続ける鋼太郎。現場監督のマルチェロは、それが気に入らず、鋼太郎を反省牢に入れ、殺すように助手のアミーゴに命じた。そして、マルチェロは、鋼太郎に渡すようアラミスから預かった、ラファエロの細胞入りカプセルを捨ててしまった。
　一方、華梨を人質に、ダークナイツのレオンが、鳳（フォウ）の首を取ろうとしていた。

　限界に近いエックスは、少しでもエリアに近づこうと飛びつづけていた。それを見た諜報部のカラス３体が襲ってきた。暗闇の中、カラスに捕まってしまった鉄兵とエックス。そこへ、ダークナイツのミラがカラスを蹴散らした。しかし、ミラは２人の兄の敵討ちに来たのではなかった…。四霊将に匹敵するほどの実力を持つミラから、逃れることはできないとみたエックス。鉄兵とエックスは戦闘態勢に入り、残された最後の力をかけ、太陽の欠片のごとく輝き、ミラを倒した。だが、｢さらば…｣と別れの言葉を残し、そのまま闇に落ちていくのだった。

　意識を取り戻した鉄兵。目の前には､バラバラにされたエックスが…。そこは、四霊獣ビート・マックスの中だった。まだ薬の効いていた鉄兵は、再び眠りについてしまった。地中を進むマックスに、アンダーミサイルが次々と打ち込まれる。次のエリアを守るバルザックが、内部に鉄兵が居ることを知り、攻撃を仕掛けてきたのだ。皇国一のマスタードックの北斗は、鉄兵を治療し、エックスを再生したのだった。目覚めた鉄兵が、ブレイクハートをセットすると、新生エックスが命を吹き返した。トレードマークの赤いバンダナを足に巻き、エックスは鉄兵とともに飛び立った。

　生まれ変わったエックスの最初の敵は、最速を誇るビート・サバンナとバルザック。少しでも動けば切り刻まれてしまうレーザースレードを仕掛けられ、身動きのとれなくなった鉄兵とエックスは、お互いを信じ、心を一つにすることで、限界を超えた力を発揮。レーザースレードから抜け出すことに成功したのだった。そして、鉄兵とエックスは、バルザックとサバンナを倒し、次のポイントへ向かった。そこには、エリアを目指す鳳とジュテームの姿が・・・。｢動くな！｣と鳳は、鉄兵とエックスに言い、スクラップを落とすと、そのスクラップは粉々になってしまった。メインタワーを中心に特殊なシールドが張られていて、進入が不可能になっているのだ。鉄兵は、無理を承知で、メサイヤフィストをシールドに撃ち込んだ。すると、巨大な炎が出現したのだった。

　シールドに行く先を阻まれた鉄兵たちの前に、ミーシャのご機嫌伺い、道化師ジャグラーが現れた。鉄兵、鳳、北斗の反逆行為に、ミーシャ様は、かなりご立腹の様子だと…。そして怒りを静めるため、スペシャルプログラムとして最凶悪の七魔将を出動させたと言うのだ。ジャグラーは、巨大シールドを除去すると、姿を消してしまった。鋼太郎を救うため、真先に進んで行った鉄兵とエックス。そこに、七魔将のミスリムとヒドラの頭を持つ、ビート・ラレーニャが現れた。ラレーニャは、２００％の防御率を持ち、体のどの部分を攻撃しても、ダメージひとつ負わない。唯一の弱点と思われた九つ頭は、破壊してもすぐに再生されてしまうのだった。苦戦を強いられた鉄兵とエックスは、更に、一瞬で風化してしまう、ラレーニャのウェザリングブレスを受けてしまった。

　ミスリムは、サイバーウィップで、鉄兵を攻撃し続ける。サイバーウィップもまた、ヒドラの再生能力を持っていたのだ。鉄平は、自らが輝き光の鉄拳ともいう、シャイニング・ナックルを放った。光はラレーニャを覆い、内部へ達し自爆へと導いた。しかし、ミスリムはまだ滅びてはいなかった。華蓮が鉄兵に渡した、メサイヤフィストは、ラファエロのかけらでつくったもので、いつか鉄兵の輝きが、無限の可能性を引き出すときがくる。鉄平は華連にそう教えられたのだった。

　ミスリムの攻撃をかわした鉄兵。しかし、サイバーウィップの吐いた毒が、目に入り見えなくなってしまった。鉄兵は、次の攻撃を聴覚だけで防ぐのだった。だが、ミスリムは、自らを傷つけ、サイバーウィップにブラットを垂らした。すると、ミスリムの傷は一瞬でふさがり、サイバーウィップは、ブラットによって音速を超えたハイパーウィップになった。そして、エックスが鉄兵の目となり、一体となった２人は輝いた。その輝きは、無限の力を発揮するのだった。
　その頃、メインタワーでは、ドームまでを破ったラファエロによって、エリア崩壊がはじまっていた。

　５年前、ラファエロを見学させるため、幼年部の子供達がドーム内に入れられていた。その中には、華蓮の妹、華梨もいた。しかし、退出命令が出た直後、ラファエロが子供達を次々に襲い始めた。華梨を助けるため、華蓮はバトルナイフ一本で、ラファエロに立ち向かう。危機一髪でドームから脱出した華蓮と華梨だが、あまりの恐怖に華梨は、記憶を失ってしまった。そして華連は、光の玉が落ちたと思われる、神居島へ向かったのだった。
　鉄兵の輝きを見て、ラファエロを倒すことができるのは、鉄兵だと確信した鳳と北斗。ロンも鉄兵と闘った上で、｢鉄兵が希望の光となるのか？｣それを見届け、鳳、北斗と共に真実を知るため、メインタワーに向かうのだった。