ベルリンに留学していた兄、高宮鋼太郎と５年ぶりに再会するため、鉄兵は機械万国博の会場へ向かった。
　天才科学者と呼ばれる鋼太郎は、この会場で研究発表をするのだった。しかし機械皇国の陰謀により、鋼太郎の研究発表を聞いた１万人もの人は抹殺され、鋼太郎は皇国に拉致されてしまった。
　鉄兵は鋼太郎を助けるため皇国に向かうのだが、攻撃され傷ついた鉄兵は、皇国内のスクラップ場に放り出された。そして、スクラップの中から、鉄兵のブラッド受け、伝説のビート・エックスが甦った。

　鉄兵のブラッドで復活したエックスだが、エックスにとってのドナーは、最初にブラッドを受けた華蓮だけ、鉄兵をドナーとして認めないのだった。
　そんな鉄兵とエックスに、リュカオン部隊が攻撃をしかけてくる。１０分の１に落ちている、エックスの能力では戦うことはできない。鉄兵が華蓮から預かったディスクのデータを読み込ませると、エックスは昔の力を取り戻すのだった。

　やはり言うことを聞かないエックス。鉄兵は、力ずくで調教しようとするのだが、マグマの中、深い海の中、最後には宇宙空間にまで、飛びこんでいくエックスだった。ドナーは、ビートに乗る限りガードシステムに守られ、どのような環境にも対応できるようになっていた。そして鉄兵は、｢おまえのことはあきらめた…｣とエックスに華蓮が神居島にいることを教える。ひとりで皇国のエリアに向かう鉄兵を、再びリュカオン部隊が攻撃してきた。そして、皇国に捕らわれた鋼太郎は、アラミス少佐から究極のビート『ラファエロ』を見せられる。

　左前足にけがをしたエックスに、鉄兵は額に巻いていた赤いバンダナを巻き、華蓮の所へ行くように言う。そして、一人エリアに向かう鉄兵の前に、エリアから出撃命令が出ていた皇国きっての戦士、鳳（フォウ）・ラフィーネとビート・ジュテームが現れた。攻撃を仕掛けてきた鳳とジュテーム。そこにエックスが、｢しばらくつきあってやる｣と鉄兵のところに戻ってくるのだが、敵の戦闘能力はあまりにすごかった。

　鳳に攻撃され、まる２日も眠っていた鉄兵。鋼太郎が皇国に忠誠を誓ってしまったという悪夢から覚めたのは、鳳が孤児を集め生きる喜びを教えていた集会場だった。エックスは、鳳に動力回路をつないでいるユニットを抜かれ、外に倒れていた。鳳は、忠告を聞かない鉄兵にそのユニットを放り投げるが、その時諜報部のカラスに、ユニットを横取りされてしまった。ジュテームがカラスを追うが、生き残った１ぴきのカラスが、幼い孤児を人質にし、鳳を怒らせてしまう。カラス軍は全滅し、鉄兵は一直線に最初のポイントに向かった。

　最初のポイントへ到着した鉄兵とエックス。突然、大きな岩から敵が現れた。だが、それはビートではなく、ビッグロックというロボットで、操縦していたのは、ガクという子供だった。ビッグロックはスクラップを集めて造られていた。そのポイントを守るのは、キャプテン・フックとビート・グルピー。その場所へやってきたキャプテン・フックは、ガクを打ちのめし、グルピーの餌にしようとする。かなり強い酸のグルピーの体内。飲み込まれたガクを助けに行く鉄兵とエックス。しかし、早くグルピーの中から脱出しないと、３人とも胃酸でドロドロに溶かされてしまう。

　グルピーの体内の弱点を狙い、破壊した鉄兵とエックス。次のエリアに向けて出発しようとするが、キャプテン・フックが再び攻撃してきた。その攻撃でダメージを受けてしまったエックス。そして、鉄兵までもが危うくなる。その時、壊れたビッグロックの一部で、ガクがキャプテン・フックにミサイルを撃ち込んだ。しかし、生命力の強いグルピー。キャプテン・フックの合図で復活したのだった。
　そして、エリアに捕らわれている鋼太郎は、皇帝の部屋へ通される。そこは、大きなおもちゃ箱の中にいるかのように、おもちゃが溢れていた。小さな戦闘機、戦車などが鋼太郎を襲う、発射されたのは実弾だった。その扉の奥には・・・

　キャプテン・フックとグルピーを倒した時に浴びた多量の酸で、ガクの様子がおかしくなった。早く洗い流さなければ、皆死んでしまう・・・。３人は、急いで次のポイントにあるオアシスへ向かった。オアシスに辿り着くと、そのまま水の中に突っ込むことにした。だがそこは幻惑の戦士カミーラのポイント。何か変だと思いながら、オアシスに入った３人。
　すでに、敵の罠にはまっていた。鉄兵とエックスは、お互いが敵に見えてしまうという幻影を見せられ、攻撃しあうのだった。

　鋼太郎が招かれ、入った皇帝の部屋にいたのは幼い子供２人、ミーシャとナーシャだった。ナーシャはぬいぐるみを抱いたまま、ただただ眠り続けていた。
　砂時計が落ちる頃には、鉄兵とエックスは滅びているだろうと、カミーラとビート・ミラージュは、ナーシャさまに届ける花を摘んでいた。しかし、鉄兵はエックスの足に巻かれた赤いバンダナに気づいた。エックスもまた、鉄兵の戦い方に何かを感じ、２人は幻覚を吹き飛ばすのだった。そして鉄兵はカミーラの所へ、エックスはオアシスにやってきたミラージュと戦う。だが、エビル・フラワーの花粉を吸ってしまっている鉄兵は、カミーラの幻覚と戦うことになる。エックスは五感を閉鎖し、直感だけでミラージュに向かっていった。

　カミーラとミラージュを倒した２人は、またエリアを目指す。しかし、エビル・フラワーの後遺症で、鉄兵は気を失ってしまう。そんな時、メタルフェイスが逆襲にやってきた。下には、ビートにとって最悪な環境の地獄谷。この谷に吹く風は、ビートには致命的な音波が鳴る響く。メタルフェイスの攻撃で、地獄谷に落ちていく鉄兵を助けに行くエックス。だが、あまりに近づき過ぎ、音波にやられまっ逆さまに落ちてしまう。そこには、ザジー博士の隠れ家のあり、鉄兵とエックスは助けられる。そして５年前、華蓮もザジー博士に助けられたのだった。風が止むのを見計らって降りてきたメタルフェイス。博士が、鉄兵とエックスを逃がしてくれるのだが、博士がメタルフェイスに捕まってしまう。石笛を吹く博士。その音波にメタルフェイスとビート・マドンナがおかしくなり、博士は地獄谷に落とされてしまう。助けに行く鉄兵とエックスにマドンナが突っ込んでくる。そして、無事を知らせる博士の石笛が・・・

　鳳・ラフィーネに皇国から反逆罪により、討伐命令がでた。リュカオン部隊が鳳のポイントにやってきた。しかし、ジュテームの一撃で全滅。だが、ミーシャの命令でにより、すでに東の霊将ロンが鳳の所へ向かっていた。ロンが鳳のポイントに向かう途中、鉄兵とエックスに出会う。通り過ぎたロンとビート・ライドウが、鉄兵の元に引き返してきた。ロンと鉄兵は戦うことになるが、あまりに速い攻撃に、鉄兵は手も足も出ない。最後の一撃を受ける寸前、エックスが鉄兵をかばう。その､エックスと鉄兵を見て、行く先を見てみたいと、ロンはそのまま去っていった。傷薬をおいて・・・
　皇国を信じ続けるロンと、皇国に不信を抱いている鳳の戦いが始まる。しかし、両者一歩もひけをとらない。その２人の戦いの場に現れたのは・・・

　鳳とロンの勝負の場に、もう１人の霊将、北の北斗が現れた。５年前、華蓮が北斗に預けていった物を見せた。それは、細胞の活動を停止させる為、マイナス２５０℃まで下げているにもかかわらず、数ミリだったものが何センチにも成長したものだった。ラファエロが成長すれば、いずれ機械皇国を、そして地球をまるごと食い尽くす。５年前、華連は何かを知ってしまったのだろう。機械皇帝を信じきっていたロン、真実を知りたい鳳、皆それぞれ皇国のエリアに向かうことになった。
　鉄兵とエックスは、磁気嵐の中をエリアに向かっていた。しかし、エックスのナビゲーションシステムはうまく作動しない。強風の磁気嵐に巻き込まれ、秘境に飛ばされていた。滝壷の中から、ビートが現れた。そこには、引退した聖騎士・カオスとビート・ラムウがいたのだ。