イギリスのとある小さな港町にある「ベンホー亭」を、母と二人で守る少年・ジムの夢は、父のような立派な船乗りになること。ある日、ビリーという船乗りが宿に現れて住みつくが、謎めいた言葉を残して死んでしまう。男が残した衣類箱には、古い羊の皮に書かれた地図があった。それこそ、大海賊フリントの宝の地図だったのだ。この地図をもとに、ジムの船乗りとしての冒険が始まる……。